Daniel Bernoulli urodził sie w Groningen (Holandia), gdzie jego ojciec - Jan - pracował do 1705 roku. Daniel uczył się matematyki u ojca oraz u starszego brata Mikołaja II (1695-1726). Jednocześnie studiował medycynę. W 1721 roku złożył w Bazylei egzaminy i obronił rozprawę na temat oddychania. Pewien czas spędził we Włoszech, celem doskonalenia się w praktyce lekarskiej, i tamże, w roku 1724, wydał Studia matematyczne, które przyniosły mu rozgłos. Wkrótce, razem z bratem Mikołajem, został powołany do Petersburskiej Akademii Nauk, w której pozostał od jesieni 1725 r. przez około osiem lat. Według umowy, Daniel Bernoulli miał obowiązek zajmować się fizjologią i zastosowaniem do niej metod matematycznych. Fizjologią Daniel Bernoulli zajmował się przez krótki czas. Bardziej interesował się mechaniką, fizyką oraz matematyką. Badania nad mechaniką ruchu zwierząt zapoczątkował już Włoch G. Borelli (1608-1679).
W roku 1728 Bernoulli oficjalnie przeszedł ze stanowiska profesora akademickiego fizjologii na stanowisko profesora matematyki. Po powrocie do Bazylei w 1733 roku otrzymał, na tamtejszym uniwersytecie, katedrę anatomii i botaniki, a dopiero w 1750 roku objął katedrę fizyki. W Petersburgu Daniel Bernoulli przygotował większą pracę z hydrodynamiki, zawierającą opis wielu doświadczeń i badanie teoretyczne wielu problemów. W ostatecznej redakcji to klasyczne dzieło, w którym mechanika cieczy i gazów po raz pierwszy potraktowane zostały jako oddzielne dyscypliny, wydał w Strasburgu w 1738 roku pod tytułem Hydrodynamika, czyli studia nad siłami i ruchami cieczy (Hydrodynamica sive de viribus et motibus fluidorum commentarii). Podane było w nim, między innymi, znane obecnie każdemu inżynierowi - hydraulikowi, równanie Bernoulliego, wyrażające zależność między ciśnieniem i prędkością idealnej, ciężkiej cieczy na danej głębokości, pod jej powierzchnią.
Po wyjeździe Daniela Bernoulliego, Akademia Petersburska utrzymała w mocy jego prawo do godności zagranicznego członka honorowego oraz dożywotniej pensji. Do końca życia był z nią związany naukowo. W jej wydawnictwie publikował większość swoich prac.
Niezwykle ważną okazała się, trwająca około 40 lat, korespondencja naukowa Daniela Bernoulliego z Eulerem. Jej podstawowe treści były stopniowo publikowane w pracach obu korespondentów.